สถานศึกษาค้นคว้าการเรียนรู้ฯ ได้กำหนดยุทธศาสตร์การดำเนินงานให้สอดคล้องกับยุทธศาสตร์ของมหาวิทยาลัย ดังนี้
- การพัฒนาระบบการบริหารจัดการศึกษาให้สถานศึกษาค้นคว้าฯ เป็นองค์กรแห่งการเรียนรู้
- การพัฒนาคุณภาพผู้เรียนสู่ความเป็นเลิศ
- การพัฒนาครูและบุคลากรที่เป็นเลิศ
- การพัฒนางานวิจัยทางการศึกษา